Michael v. zur Mühlen inszeniert seit 2004 genreübergreifend Schauspiel, Oper und zeitgenössisches Musiktheater u.a. am Forum Neues Musiktheater der Staatsoper Stuttgart, der Volksbühne am Rosa-Luxemburg-Platz Berlin, der Oper Leipzig, dem Nationaltheater Weimar, dem DT Göttingen, dem Staatstheater Darmstadt, der Staatsoper Berlin, der Oper Halle und der Münchener Biennale für Neues Musiktheater.
In den Spielzeiten 2016/17 - 2020/21 war er Regisseur und Chefdramaturg im Leitungsteam der Oper Halle, deren avanciertes Programm seit dem künstlerischen Neustart im Sommer 2016 deutschlandweit große Beachtung gefunden hat und mehrfach mit Preisen und Auszeichnungen bedacht wurde. So erhielt die Oper Halle beispielsweise in der Saisonbilanz 17/18 der Zeitschrift Die Deutsche Bühne in der Kategorie „Überzeugendste Theaterarbeit abseits großer Theaterzentren“ die meisten Nennungen und wurde 2019 mit dem Theaterpreis des Bundes ausgezeichnet.
Über seine Inszenierung von Verdis AIDA schrieb DIE ZEIT: „Diese Aufführung markiert einen Präzedenzfall. Sie zeigt, was Oper im 21. Jahrhundert kann, wenn sie diskursiv auf der Höhe der Zeit ist und ästhetisch von bestrickender Durchlässigkeit.“ und Jürgen Otten meint in der Opernwelt über seine 2021 an der Oper Halle entstandenen Inszenierung IM STEIN: „Sehenswert: der Opernfilm IM STEIN nach dem gleichnamigen Musiktheater von Sara Glojnarić und Clemens Meyer (…) ein wunderbar verrückt-absurdes Gesamtkunstwerk aus Musik, Text, Bildfantasien und politisch präzisem Kommentar.“ Die Inszenierung war für den Deutschen Theaterpreis DER FAUST 2022 in der Kategorie „Ton und Medien“ nominiert. Zuvor wurde die Arbeit bereits im Jahrbuch 2021 der Opernwelt als „wichtiger Stream der Saison“ ausgezeichnet.
Das in einer Kooperation des Next Level Festivals Essen mit HELLERAU Dresden entstandene interaktive Videospiel-Essay OPERA – A FUTURE GAME wurde mit dem Deutschen Theaterpreis DER FAUST ausgezeichnet, war für den internationalen A MAZE Award 2023 nominiert und Wettbewerbsbeitrag der XR-Sparte im Rahmen des Kurzfilmfestivals Mitteldeutschland Leipzig. Die Arbeit ist aktuell auf Tour und wurde u.a. an den Kammerspielen München, beim ImPulsTanz Wien im Burgtheater und am Staatstheater Karlsruhe gezeigt.
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