Johannes Lepper wurde 1960 in Ratingen geboren. Nach einer Ausbildung zum Steinbildhauer begann er 1984 an der Schauspielschule Bochum der Folkwang Universität der Künste sein Schauspielstudium. Erste Engagements führten ihn ab 1987 an das Schauspiel Bonn, an das Schauspiel Dortmund sowie an das Junge Theater Göttingen. Während seiner Regieassistenz am Theater Oberhausen von 1993 bis 1994 inszenierte er NOTHING SPECIAL, EIN KURZER ABEND MIT ANDY WARHOL ZU GAST FRANZ KAFKA am Theater Oberhausen und VOLKSVERNICHTUNG ODER MEINE LEBER IST SINNLOS von Werner Schwab am Jungen Theater Göttingen.
Ab 1994 arbeitete er als Regisseur unter anderem Bertolt Brechts/Kurt Weills DIE DREIGROSCHENOPER in Göttingen, DIE RÄUBER von Friedrich Schiller in Oberhausen, DIE SOLDATEN von Jacob Michael Reinhold Lenz in Koblenz, am Maxim Gorki Theater DIE KATZE AUF DEM HEISSEN BLECHDACH und am Staatsschauspiel Dresden MERLIN von Tankred Dorst. Von 1999 bis 2003 war er Intendant des Schlosstheater Moers, darauf folgend bis 2008 Intendant des Theater Oberhausen. Seit 2008 arbeitet Johannes Lepper als freier Regisseur, u. a. am Staatstheater Karlsruhe, dem Schauspiel Bonn, Konzert Theater Bern, dem Theater Ingolstadt, dem Schauspiel Dortmund, dem Staatstheater Wiesbaden und den Duisburger Akzenten. 1996 erhielt er den Oberhausener Kritikerpreis für seine Inszenierung von Schillers DIE RÄUBER und 2008 erneut für DIE RATTEN von Gerhard Hauptmann. Für seine Inszenierung von DIE VERFOLGUNG UND ERMORDNUNG JEAN PAUL PARATS DARGESTELLT DURCH DIE SCHAUSPIELGRUPPE DES HOSPIZES ZU CHARENTON UNTER ANLEITUNG DES HERRN DE SADE erhielt er die Auszeichnung als Beste Inszenierung beim NRW Theatertreffen. Zuletzt wurde Johannes Lepper für seine Arbeit JULIUS CÄSAR.COLD SONGS: ROM am Vorarlberger Landestheater Bregenz für den Nestroy, den Wiener Theaterpreis nominiert.